Seto Instituudi teadustegevust nõustab 2019. a loodud MTÜ Setomaa Teadusnõukogu, mille kolm esindajat kuulub ka nõukogusse. Teadusnõukogu põhikiri asub siin.
MTÜ Setomaa Teadusnõukogusse kuuluvad: Paul Hagu, Aare Hõrn, Arvis Kiristaja, Helen Külvik, Mart Külvik, Nikolai Laanetu, Elvi Nassar, Karl Pajusalu, Mare Piho, Heiki Valk.