Seto Instituudi nõukogul on 6 liiget. Nõukogusse kuuluvad 2 Setomaa valla esindajat, kelle nimetab Setomaa vallavalitsus, 1 Kultuuriministeeriumi esindaja, kelle nimetab Kultuuriminister, ja 3 MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindajat.
Nõukogu liikmed:
Heiki Valk, MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindaja, nõukogu esimees
Mart Külvik, MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindaja
Arvis Kiristaja, MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindaja
Merily Marienhagen, Setomaa valla esindaja
Raul Kudre, Setomaa valla esindaja
Leelo Viita, Kultuuriministeeriumi esindaja