Seto Instituudi nõukogul on 6 liiget. Nõukogusse kuuluvad 2 Setomaa valla esindajat, kelle nimetab Setomaa vallavalitsus, 1 Kultuuriministeeriumi esindaja, kelle nimetab Kultuuriminister,  ja 3 MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindajat.

Nõukogu liikmed:

Heiki Valk, MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindaja, nõukogu esimees

Mart Külvik, MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindaja

Arvis Kiristaja, MTÜ Setomaa Teadusnõukogu esindaja

Merily Marienhagen, Setomaa valla esindaja

Raul Kudre, Setomaa valla esindaja

Leelo Viita, Kultuuriministeeriumi esindaja